농림수산식품부는 조업중 그물에 걸리거나 해안에 떠밀려 온 고래에 대한 '혼획 좌초증명서', '유통허용증명서'의 발급 및 DNA시료의 제출을 의무화하는 등 고래자원 관리를 강화할 계획이라고 밝혔다. 농수산식품부에 따르면 국제포경위원회(IWC)의 상업포경 금지 결의에 따라 1986년 고래포획이 금지된 이후 연근해 어구에 혼획되거나 해안에 좌초되는 고래의 개체수가 크게 증가하고 있어, 미보고 된 고래류에 대한 혼획을 위장한 불법포획의 우려가 제기돼 왔다.

고래포획금지조치의 이행지침은 1982년 국제포경위원회(IWC)의 상업포경 모라토리엄 결정에 대한 국내 이행조치인 '1986년부터 연근해에서 고래류의 포획을 금지(농림수산식품부 고시 제2008-46호)'에 따라, 연근해에서 고래 불법포획 방지와 혼획 좌초돼 죽은 고래에 한해 상업적 유통을 허용하고 체계적인 처리를 위해 1994년부터 시행해오고 있는 행정내부 규정이다. 이에 따라 농수산식품부는 우리나라 연안에 내유하는 고래류의 불법포획, 미보고 고래류의 유통을 방지하고, 혼획고래의 이용에 관한 국내외적인 불신과 의혹을 해소하기 위해 현행 고래포획금지조치의 이행지침을 법규성이 강한 고시로 운용할 방침이다. 주요 개정내용은 고래류와 돌고래류의 구분처리, DNA시료확보 근거 마련, 혼획 좌초증명서 및 유통허용증명서 발급 의무화 및 고래유통 보고체계 정립 등이다.