정부가 93개 일선수협에 대한 경영성과와 경영개선자금 지원시 MOU를 체결한 36개 조합에 대해 이행 여부를 평가한 결과 대부분의 수협이 부실규모와 순자본비율이 감소되는 등 경영이 개선됐으나 일부수협은 부실채권 발생 및 연체율 증가 등으로 경영이 되레 악화된 것으로 나타났다. 순자본비율은 2002년 9월 △4.3%→2007년 △0.7%→2008년 △0.1%로 감소됐다. 또한, 자금지원과 함께 MOU를 체결한 36개 수협에 대한 평가 결과, 순자본비율 등 MOU 목표 이행조합이 19개, 미이행 조합이 17개 조합으로 나타났다.

MOU 목표 이행 등 경영이 개선된 조합은 전년대비 순자본비율이 2.3% 개선(3.2%→△0.9%)되고, 미처리결손금도 513억원 감소(△1436억원→△923억원)된 반면, MOU 목표 미이행 및 부실이 심한 조합은 부실규모가 증가된 것으로 나타났다. 특히, 이와 같이 정부의 자금지원과 꾸준한 자구노력으로 경영이 호전돼 부실우려조합에서 정상수협으로 분류된 6개 수협(강릉 목포 부산동부 서남해수 근해유망 제주시) 중 당초 자금지원 대상이 아닌 제주시수협을 제외한 5개 수협은 자금지원 중단과 함께 MOU를 졸업하게 된 반면, 경영악화로 정상조합에서 부실우려조합으로 분류되는 조합이 4개 발생했다.

정부는 부실수협 5곳 중 흑산도수협은 연내 인근 조합과 통합하고 동해, 삼척, 장흥, 전남서부해수어류, 나머지 4곳은 지역적 여건을 고려해 단계적으로 통합하되 부실 최소화를 위해 우선 정책자금 취급기능을 중앙회로 이관시키고, 지속가능성 평가를 통해 부실의 주 원인인 신용사업을 배제하고 경제사업 만으로 자생력이 있다고 판단되는 조합은 사업구조를 개편해 존속시키는 방안을 검토할 계획이다. 2008년 MOU 미이행 조합 17곳에 대해서는 항목별 달성정도에 따라 조합장 직무정지 등 관련 임직원을 문책하고 임원의 기본급을 사업규모에 따라 상한선을 제시하고 상여금을 제한하기로 했다. 또 45개 조합에 대해 부실채권 및 연체비율 등 무수익채권 감축 목표비율을 부여하고 5개 수협이 정상화돼 31개 수협에 대한 자금지원 및 MOU 체결 등 적기시정조치와 분기별 이행여부를 점검하기로 했다.