어선의 건조 등록은 농림수산식품부가, 안전검사는 국토해양부가 각각 담당하고 있던 어선 행정을 농림수산식품부로 일원화하기로 했으나 검사기관인 선박안전기술공단을 현행대로 국토해양부 소속으로 남겨두기로 함으로써 '반쪽짜리' 어선행정 일원화라는 비판이 나오고 있다. 국무총리실은 "현재 어선 관련 행정이 농수산식품부와 국토부로 이원화돼 있어 최근 빈발하는 어선사고에 효율적으로 대처하지 못하고 있다"며 "지난 18일 총리실 주관으로 농수산식품부와 국토해양부 정책조정회의를 개최해 양 부처의 의견을 조정해 어선행정을 일원화하기로 했다"고 밝혔다.

2007년 어선사고건수는 총 821척에 4017건이 발생했는데 이중 사망 또는 실종자는 65명으로 집계됐다. 이에 따라 정부는 항해와 어로를 병행하는 어선의 특성을 반영해 '선박안전법'에서 분리된 별도의 어선설비기준을 어선법 개정시 반영키로 했다. 또 안전 검사의 시기·방법은 어업특성을 반영해 실시하고, 어선 검사 및 검사대행기관의 지정권한을 농수산식품부장관이 갖도록 했다. 선박안전기술공단은 국토해양부 소속으로 그대로 두지만, 어선검사 업무는 농수산식품부장관으로부터 위탁받아 대행하고 관련 업무를 농수산식품부에서 지도 감독키로 했으며 아울러 어선검사에 필요한 예산도 농수산식품부가 확보해 선박안전기술공단에 지원키로 했다.

총리실은 이와 관련, "향후 어선의 설비 및 안전검사를 강화하는 등 어선행정의 일원화로 어선사고를 미연에 방지하고 어업인들의 불편 해소 및 수요자 중심의 책임행정을 구현할 수 있는 초석을 마련한 것으로 평가한다"며 "농수산식품부와 국토해양부가 협의해 관련 법률을 조속한 시일 내에 개정할 예정"이라고 설명했다. 그러나 수산업계에서는 전체 검사대상선박의 85%가 어선임에도 불구하고 선박안전기술공단을 국토해양부 소속으로 남겨두기로 한 것은 잘못된 것이라는 지적이 제기되고 있다.

2008년 기준 선박검사기술공단의 검사대상선박은 총 31,349척인데 이중 일반선박은 14.7%인 4,596척인데 비해 어선은 26,753척으로 85.3%를 차지하고 있다. 수산관계자들은 "어선의 건조·등록과 검사가 한 기관에서 이뤄져야 어선행정이 일원화됐다고 할 수 있을 것"이라며 "선박안전기술공단에 어선검사업무를 위탁할 것이 아니라 어선의 건조 등록, 검사업무를 전담할 기관이나 단체를 농림수산식품부장관 소속으로 신설해야 할 것"이라고 말했다. 현재 선박안전기술공단 조직은 1실3본부1연구원18개팀17지부에 정원 286명(임원 4명)이며 2008년 예산은 자체수입금 110억1200만원(54%), 국고보조 93억9200만원(46%) 등 총 204억4백만원이다.