농림수산식품부는 유기가공식품의 품질향상 생산 장려 및 소비자 보호를 위해 '유기가공식품 인증제'를 본격 시행한다고 밝혔다. 이 제도의 시행으로 국내에서 유기 표시를 해서 판매하려면 식품산업진흥법에 의해 지정받은 인증기관의 인증을 받아야 하고, 수입유기식품도 국내 인증기관 또는 외국 인증기관을 통해서 인증 받을 수 있다. 다만, 국내외 인증수요를 원활히 처리하기 위해 2009년 12월 31일까지는 식품의약품안전청 표시제와 병행하기로 했다.

인증제와 표시제가 병존하는 기간동안은 별도 인증마크 없이 인증품에 '유기OO(제품명)', '인증기관명' 및 '인증번호'를 표시하도록 했다. 새롭게 시행되는 인증제는 정부로부터 지정받은 민간 인증기관이 인증을 실시하고, 국립농산물품질관리원은 인증의 사후관리를 담당해 인증의 투명성과 신뢰성을 높일 계획이다. 기존 인증기관 지정요건을 완화해 자체 분석시설을 갖추는 대신 공인된 분석기관에 위탁할 수 있도록 고시를 개정했다.

농림수산식품부는 한국식품연구원을 제1호 유기가공식품 인증기관으로 지정하고, 앞으로도 인증기관 지정요건에 부합한 국내외 기관들을 지정할 예정이다. 그동안 국내에서 판매되는 유기식품은 국립농산물품질관리원 유기농산물가공품 인증제와 식품의약품안전청 유기가공식품 표시제로 관리돼 왔으나 유기농산물가공품 인증제는 국산 유기농산물 원료 가공품만 인증함으로써 수입 완제품 및 수입 유기원료를 사용한 가공품은 인증대상에서 제외됐다.

 또 유기가공식품 표시제는 외국 인증기관의 인증 표시만으로 수입품의 유통이 가능하고 생산자가 기준 충족여부를 판단해 표시하도록 돼 있어, 부정 유통되는 유기식품으로부터 소비자를 보호하고 국내 유기농업 육성을 위한 인증제의 필요성이 제기돼 왔다.