지난 2001년 수협중앙회에 공적자금 1조1,581억원을 지원한 이후 2007년까지 6년간 중앙회의 미처리결손금 규모가, 5946억원 감소한 것으로 나타났다. 농수산식품부가 국회 농수산식푸위원회에 보고한 자료에 따르면 2000년 9887억원이었던 중앙회 결손금 규모가 공적자금 투입 이후 4년 후인 2005년 6046억원으로 38.9% 감소했고 2007년에는 3941억원으로 60.1%가 줄었다. 농수산부는 경영혁신과 자구노력으로 결손금 감소 등 수협의 경영여건이 개선되고 있으나 국제적인 수준에는 현저히 못 미치는 상황이라고 밝혔다.

농수산부는 2011년 국제회계기준(IFRS)이 도입되면 예금보험공사 출자금(공적자금)이 부채로 분류돼 BIS비율이 11.02%에서 4.27%로 급락해 영업이 곤란하다고 지적했다. 한편 정부는 2003년부터 2007년까지 일선수협에 대해 정부재정으로 경영개선자금 2,516억원을 지원했다고 밝히고 완도군수협 등 부실이 심화된 수협은 경영실태에 따라, 경영개선지원이나 합병 및 계약이전 등 구조조정을 추진 중이라고 밝혔다.