농림수산식품부는 일시 다량 출현하는 자원의 효율적 이용을 위한 한시허가 신설 및 양벌규정 중 법인이나 사업주의 면책조항을 추가하고, 어업허가의 정기적 정비 등 현행규정의 일부 미비점을 개선 보완한 수산업법 전부개정법률안을 입법예고했다. 주요내용을 보면 우선 '한시적 어업허가 제도'를 신설했다. 특정한 해역에 특정한 자원이 일시적으로 다량 출현하는 경우 자원평가를 통해 총허용어획량(TAC)을 정하고 다른 어업에 영향이 없는 범위에서 이용할 수 있는 한시적 어업허가 제도를 마련했다.

또한 어업허가의 정기적 정비근거를 마련했다. 일부 어업인들이 휴업, 어선의 노후 등으로 어업을 계속할 수 없음에도 정부의 어선감척사업 및 공익사업시행으로 인한 손실보상 등을 목적으로 어업허가를 계속 유지하고 있어 어업질서문란, 연안오염 심화, 어선감척 및 공익사업시행 등에 부담이 가중되고 있는데 따른 것이다. 농림수산식품부장관, 시·도지사 또는 시장·군수·구청장은 매 3년마다 기간을 정해 어업허가의 일제정비를 해야 하도록 했다. 했다. 어업허가는 허가대상인 어선·어구 또는 시설물이 양도·임대 또는 상속된 경우 양수인 등에게 새로운 허가를 처분해 옴에 따라 어업허가를 받은 자는 불법어업으로 인해 행정처분(어업허가의 정지 등)이 누적된 경우 이를 면탈할 목적으로 어선 등을 양도 및 임대를 반복하는 등 어업질서 문란이 초래되고 있다.

이에 따라 어업허가를 받은 자가 어업허가의 유효기간 범위안에서 허가대상인 어선·어구 또는 시설물을 양도·임대 또는 상속한 때에는 그 어업허가의 지위 및 행정처분효과가 양수인 등에게 승계되도록 했다. 수산관계법령을 위반한 경우의 어업 및 해기사에 대한 행정처분 기관을 어업허가관청으로 일원화했다. 수산관계법령 위반으로 인한 행정처분이 어업허가 및 어획물운반업에 대해서는 허가관청이, 어업종사자 및 어획물운반업 종사자인 해기사에 대해서는 국토해양부 지방해양항만청이 처분함으로써 조업활동 등 어업인 불편을 초래했다.

이에 따라 행정관청은 어업종사자 또는 어획물운반업 종사자가 수산관계법령을 위반한 때에는 농림수산식품부령이 정하는 기준과 절차에 따라 해기사의 면허에 대한 행정처분을 할 수 있도록 했다. 이밖에 법인·사업주가 어업종사자의 불법행위를 방지하기 위해 상당한 주의와 감독을 게을리 하지 않은 경우 동시에 처벌하지 않도록 양벌규정을 완화했다.