광우병 발생 우려 미국산 쇠고기 수입 허용에 따른 악화된 민심 수습을 위해 일부 각료의 경질이 검토되고 있는 것과 관련, 농림수산식품부 장관이 경질될 경우, 이를 계기로 제1·2차관 관장 업무의 재조정, 수산부문 과장급에 대한 농림식품부문과의 순환보직 활성화 등 수산부문의 인사 쇄신이 필요한 것으로 지적되고 있다. 농림수산식품부 및 수산계에 따르면 이명박정부의 출범으로 농림수산부가 출범한 지 100일이 지났으나 고위 관료들의 과중한 업무부담에다 일부 관료의 전문성 부족 등으로 수산에 대한 중장기 비전 제시는 물론이고 현안 해결을 위한 단기 방안도 마련하지 못하고 있다.

최근 어업용 면세유 가격의 급등으로 인해 전국 연안 항·포구에서 어선들의 출어 포기사태가 속출하고 있으나 농림수산식품부는 아무런 대책도 내놓지 못하고 있다. 이같은 일을 어렵게 하는 것은 제2차관의 과도한 업무관장 때문이라는 지적이 적지 않다. 수산부문을 관장토록 제2차관을 두었지만 실제 관장업무는 수산은 물론이고 축산, 식품까지 광범위해 최근 발생한 AI(조류인플루엔자) 사태와 미국산 쇠고기 수입에 따른 국민들의 시위 등의 사태 수습에 올인하고 있어 수산은 사실상 '뒷전'으로 밀릴 수밖에 없다는 것이다. 뿐만 아니라 실질적인 수산행정의 사령탑이라고 할 수 있는 수산정책실장은 농림부문 출신으로 수산부문의 업무가 낯선데다 추진 의지도 다소 소극적인 것으로 알려지고 있으며 국제수산관 역시 농림부문 출신이어서 소신 있는 정책 추진도 기대하기 어려울 것이라는 분석이다.

과거 수산청 및 해양수산부 출신 퇴직 인사들은 부처 통폐합에 따른 불가피한 측면이 있기는 해도 농림부문과 수산부문의 '자리 나눠갖기'식의 농림수산식품부의 인사 관행이나 인력 시스템으로는 수산 현안의 해소는 물론이고 중장기 비전을 수립하기가 어렵다고 지적했다. 따라서 제2의 조직재편을 단행해야 한다고 주장한다. 우선 제2차관이 관장하고 있는 업무 중 수산과 식품을 제외한 축산부문을 제1차관에게 이관하며 식품업무도 식품산업본부장에게 상당부분을 넘기고 제2차관은 수산분야만 관장토록 해야 한다는 것이다.

이와 함께 업무수행에 소극적이거나 무능한 일부 과장급의 경우, 농업분야로 보내고 농업부문에서 유능한 직원을 받아들이는 순환보직의 활성화가 필요하다고 말했다. 한 수산 관계자는 "순환보직이 기피부서에 대한 적당주의 만연, 업무의 전문성 결여, 융통성 있고 원활한 업무추진 결여, 전문업무에 대한 무능력자 보직 부여 등의 단점이 있다"면서 "그러나 조직의 활성화, 일부 핵심부서에 대한 카르텔 파괴, 민원인과의 유착방지, 엄정한 법집행 등의 장점이 있는 만큼 순환보직의 활성화가 바람직하다"고 강조했다.