정부 주도에 의해 도입된 수산부문의 유통협약 및 자조금사업이 활성화되기에는 사업에 대한 어업인의 인지도와 참여의사가 높지 않고 사업추진의 구심체가 될 생산자단체도 많은 품목에 있어서 아직 성숙돼 있지 않는 등 아직 기초적 여건이 충족되지 않아 정책체계 전반에 대한 재검토가 이뤄져야 할 것으로 지적됐다. 한국해양수산개발원(KMI) 황기형 박사팀(박광서 이남수 김수현 김효진 연구원)이 지난 해 4∼12월 실시한 '수산부문 유통협약 및 자조금 사업 활성화 방안' 연구보고서에 따르면 현재 김, 넙치, 송어 등 3개 품목에 대한 유통협약 및 자조금사업이 정부의 사업비지원에 따라 실시되고 있으나 소규모 산지폐기와 일시적인 소비촉진 행사를 중심으로 진행되고 있고 사업 규모나 내용, 참여 범위로 볼 때 유통협약을 통한 양식수산물의 수급조절 효과는 매우 제한적일 것으로 판단된다는 것이다.

유통협약 및 자조금사업이 활성화되기 위해서는 어업인의 적극적인 참여, 무임승차자 문제 해결, 민주적 사업운영 방식 정착, 사업성과에 대한 평가 및 환류체제 확립 등 충족돼야 할 조건들이 적지 않은데도 불구하고 수산부문의 유통협약과 자조금사업은 타당성이나 전제조건, 추진방식, 기대효과 등에 대한 깊이 있는 검토가 이뤄지지 않은 상태에서 정부보조에 의해 추진되고 있다고 문제점을 지적했다. 보고서는 무임승차자 문제 해결을 위한 제도적 장치가 뒷받침되지 않을 경우에는 사업규모나 범위가 확대된다고 하더라도 어업인 주도의 수급조절사업이 양식수산물 수급안정에 큰 효과를 기대하기가 어렵다고 밝혔다.

유통협약과 자조금사업을 중심으로 하는 정부의 수급안정 정책이 현재의 상태에서는 큰 효과를 기대하기 어려우므로, 정책체계 전반에 대한 재검토가 필요하고 현재의 체계를 유지할 경우에는 무임승차자 문제 해결을 위한 '유통명령제'와 '의무자조금제도'의 도입이 필요하지만 자유경쟁의 제한이나 사유재산권 침해 등에 관한 논쟁 발생 소지가 높으므로 신중한 검토가 필요하다고 덧붙였다. 보고서는 현 체제에 대한 대안으로 정부가 '약정출하제도' 등의 도입을 통해 공급 조절을 위한 정책을 주도하고, 민간이 주도하는 역할 분담 체제를 고려해 볼 수 있다고 방안을 제언했다.

단기적으로는 유통협약 및 자조금사업 추진의 기초 여건의 조기 확립을 위해 어업인 대상의 홍보·교육의 강화, 합리적 사업운영 방식의 정착을 위한 지침 제정, 사업 수행 전반에 대한 사전 및 사후 평가체제 구축, 시장정보 및 컨설팅 서비스 제공을 위한 지원체제 구축 등에 주력할 필요가 있다고 보고서는 제안했다.