주꾸미는 낚시 전문가가 아니더라도 쉽게 잡을 수 있어 최근 낚시인구가 크게 늘면서 자원관리 필요성이 높아지고 있다.해양수산부는 산란 직전의 어미와 어린개체 어획이 성행하면서 주꾸미 어획량이 1998년 7999톤에서 2014년 2525톤, 2016년 2281톤으로 매년 감소했다가 2017년 3460톤, 2018년 3,773톤으로 최근 들어 조금씩 증가하고 있다.
해수부는 이에 따라, 2018년부터 주꾸미의 금어기를 설정해 매년 5월 11일부터 8월 31일까지 어업 및 유어·낚시 등 모든 형태의 주꾸미 포획을 금지하고 위반할 경우, 2년 이하의 징역 또는 2천만 원 이하의 벌금이 부과한다.
다만, 어린개체의 어획을 금지하는 금지체중은 도입되지 못해 어린개체의 포획이 현행법 상 처벌되지는 않으나, 주꾸미의 군성숙체중(개체군의 50%가 산란할 수 있는 체중)은 55g으로 어린 주꾸미의 보호를 위해 55g미만의 주꾸미는 바다로 방류할 것을 권고했다.
서해와 남해의 얕은 연안에 서식하는 주꾸미는 수명이 약 1년이며, 4~6월에 태어나고, 7~10월에 성육기(청소년기)를 거친다. 11월부터 이듬해 2〜3월까지는 성숙기로 산란을 위한 준비과정을 거치고, 4〜6월에 산란해 약 200〜300개의 알을 낳은 뒤 생을 마감한다.