어촌특화지원 특별법 제28조에 근거한 어촌특화지원센터는 어촌마을을 대상으로 창업·경영컨설팅, 연구개발, 사업 관리 등에 대한 상시 업무지원기구를 설치․운영해 사업 성과제고와 활성화를 유도하기 위한 목적으로 설립된다.
어촌특화센터의 주요 사업은 어촌특화사업으로 생산된 제품의 판매ㆍ유통 및 홍보 지원, 어촌특화사업 시행자에 대한 교육ㆍ연수, 어촌특화사업 시행자와 국내 연구기관ㆍ대학 및 기업 간 연계 지원, 국내 어촌자원 및 어촌특화사업에 대한 조사ㆍ분석과 수집 정보 제공 등이다.