어촌특화발전지원특별법 제28조의2 및 동법 시행령 제302의2에 근거해 지정된 지역별 센터 는 ▷경기어촌특화지원센터(경기도 수원시 장안구 장안로 347)는 한국농어촌공사 경기지역본부(대표자 전승주), ▷전북어촌특화센터(전북 전주시 완산구 서원로 137)는 한국농어촌공사 전북지역본부(대표자 박종만), ▷경북어촌특화센터(경북 울진군 죽변면 해양과학길 22)는 (재)경북해양바이오산업연구원(대표자 김태영) ▷제주어촌특화센터(서울특별시 금천구 가산디지털2로 53 한라시그마밸리 12층)는 (특)한국어촌어항협회(대표자 최명용)이 각각 지정됐다.
어촌특화센터의 주요 사업은 ▷어촌특화사업으로 생산된 제품의 판매ㆍ유통 및 홍보 지원 ▷어촌특화사업 시행자에 대한 교육ㆍ연수 ▷어촌특화사업 시행자와 국내 연구기관ㆍ대학 및 기업 간 연계 지원 ▷국내 어촌자원 및 어촌특화사업에 대한 조사ㆍ분석과 수집 정보 제공 등이다.