신설된 주요 내용은 저층조업에 따른 해양생태계에 잠재적 영향에 대한 영향평가를 ‘조업에 따라 해양생태계에 잠재적으로 미칠 영향에 대해 평가하는 것을 말한다’고 정의했다. 또한 적용 범위의 수역에서 원양어업을 하고자하는 자는 해양수산부장관에게 원양어업허가 신청 시 영향평가 결과를 함께 제출하도록 하고 영향평가를 받으려는 자는 사전에 조업위치, 목표어종, 어구의 종류, 어구가 전개될 수심 및 어장의 해저 수심도 등이 포함된 조업계획서를 국립수산과학원장에게 제출하도록 했다.
그러나 원양어업허가를 받으려는 자는 원양산업발전법 시행규칙 규정에 따라 원양어업허가 신청서에 영향평가결과를 첨부해 해양수산부장관에게 제출토록 한 조항과 영향평가를 받으려는 자는 사전에 조업위치, 목표어종, 어구의 종류, 어구가 전개될 수심 및 어장의 해저 수심도 등이 포함된 조업계획서를 국립수산과학원장에게 제출해 조업에 따라 해양생태계에 잠재적으로 미칠 영향에 대해 평가를 받도록 한 규정은 삭제했다.
또한 공해상 저층어구를 이용해 조업하는 어선들은 원양산업발전법 규정에 따라 어선위치추적장치를 설치하도록 한 규정 및 공해에서의 저층어구를 이용해 조업하는 어선은 원양산업발전법 규정 및 연근해 및 원양어업의 조업상황 등을 국립수산과학원장을 거쳐 해양수산부장관에게 보고하도록 한 규정은 각각 삭제했다.
해수부는 개정이유로 ‘훈령ㆍ예규 등의 발령 및 관리에 관한 규정’에 따른 재검토기한을 검토하고 해양생태계에 대한 영향평가 절차 등을 명확하게 하는 한편 원양산업발전법 개정 사항을 반영하는 등 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선ㆍ보완하려는 것이라고 설명했다.