포스코는 2010년 '비관리청 항만공사 사업시행자'로 선정돼 포항신항 선회장 및 항로, 박지(배가 머물 수 있는 해안지역) 등을 준설하는 '포항신항 수역시설 준설공사'를 시작했는데 공사과정에서 영일만 연안해역에 탁류 등이 발생해 어민 조업에 손실이 발생했다.
어민들이 포항수산청에 해상오염 방지 대책 마련을 요청했고, 수산청은 공사를 맡은 포스코에 해결방안을 제시하라고 하자 포스코는 준공기한을 연장하는 등 실시계획을 바꿨고 또 전문조사기관 용역 및 감정평가 결과에 따라 어업손실을 보상하기로 약정했다.
2015년 공사를 마친 포스코는 812억여원의 총사업비 명세를 수산청에 제출했으나 포항수산청은 어업손실 보상금과 어업피해 조사용역 및 감정평가에 든 비용은 빼고 총사업비를 773억여원으로 확정하자 포스코는 국가를 상대로 '항만시설 무상사용권 존재 확인' 소송을 냈다.
소송에서 포스코는 국가에 귀속된 항만시설 조성 사업자(비관리청)는 총사업비 범위에서 무상으로 항만시설을 사용할 수 있는 만큼 신항 수역시설(항로·선회장 등) 사용료가 812억여원에 이를 때까지 무상으로 신항을 사용해야 한다고 주장했다.
포항수산청은 보상금을 지급한 것이 단순히 민원을 해결하려는 것인 만큼 총사업비에 포함되는 어업권 등 권리에 대한 보상비라고는 할 수 없다고 맞섰다.
법원은 판결에서 포스코 손을 들어줬다.
대구지법 행정2부(장래아 부장판사)는 "항만공사로 인근 어민에게 피해가 발생한 것과 피해 액수는 전문기관 용역과 감정 평가에서 밝혀졌고, 포항수산청이 원고(포스코)에 어민 등의 손실보상 요구에 대해 해결하라고 요구하거나 독촉한 만큼 어업 피해 보상 필요성을 인지하고 있었던 것으로 보인다"며 원고승소 판결했다고 밝혔다.
이어 "항만공사에 따른 어업 피해 범위와 액수에 관한 조사가 준공확인일 이전 또는 이후에 이뤄졌다는 우연한 사정 때문에 무상으로 국가에 귀속되는 항만시설 및 토지에 대한 무상사용권의 범위가 달라진다고 보는 것은 현저히 형평에 맞지 않다"고 덧붙였다.