개정 규칙의 주요 내용을 살펴보면, 기상 특보 발효 시 어선의 출항 제한 조치 등을 위반하는 경우 최대 60일간 어업정지 처분을 내리고, 불법 양식수산물을 유통・판매한 경우에는 최대 양식면허를 취소할 수 있도록 하는 기준을 새롭게 마련했다.
또한 양식업의 면허・허가 관련 위반행위(12개)에 대한 처분의 실효성을 높이기 위해 현재 3차 위반 시 최대 어업정지 60일에서 앞으로는 면허‧허가가 취소되도록 처분을 강화한다. 또한, 양식장 어장관리선의 안전사고 예방 및 관리 강화를 위해 어장관리선에 대한 제한‧금지사항을 위반하거나 관리선 규모 등을 위반한 경우 현재는 2차 위반 시 면허정지 45일이지만 앞으로는 면허가 취소되도록 한다.
이밖에도, 8월 28일부터 시행되는 「양식산업발전법」과 「어선안전조업법」에서 정하고 있는 행정처분 근거 규정을 수산관계법령 행정처분 규칙에 위임하는 사항을 추가하는 등 법령 체계를 정비했다.