공단은 장기간 장마와 집중호우로 인해 하천 등을 통해 육상에서 유입된 해양 부유쓰레기 양이 급증함에 따라 선박 안전항행 확보를 위해 공단이 12개 소속기관에서 운영 중인 22척의 청항선을 투입해 해양쓰레기 수거 작업을 실시하고 있다.
현재까지 집중호우로 인해 해양 부유쓰레기가 가장 많이 발생한 부산지사에서 162.5톤을, 울산, 군산, 여수, 제주지사 등에서 총 382톤을 수거했다. 해양 부유쓰레기는 초목류, 수초류 등이 대부분이며, 앞으로도 상시 순찰활동을 통해 해양쓰레기를 지속 수거할 예정이다.