과세 특례가 종료되는 조합법인은 평균 3억5000만원 가량의 법인세 부담이 증가할 것으로 보여 조합법인들의 반발이 예상된다. 아울러 특례대상에 남기 위해 매출액과 자산규모를 줄이는 ‘쪼개기’가 성행할 것이란 우려도 나온다.
기획재정부가 22일 세제발전심의위원회에서 확정한 2020년 세법 개정안에 따르면 올해말 일몰이 도래하는 조합법인에 대한 과세특례에 대해 대규모 조합법인은 적용을 배제키로 했다.
조합법인 과세특례란 농협·수협·신협·새마을금고·산림조합 등 단위조합법인에 일반 법인세율(10~25%)보다 낮은 수준의 세율을 적용하는 제도다. 농어촌 등 영세 조합원들의 모임으로 공익적인 가치를 지닌 점을 감안해 일반 민간기업들과 달리 세제 혜택을 준 것이다.
해당 제도는 조세특례법에 담겨 있어 2~3년마다 일몰이 도래하지만 10년 이상을 유지해왔다. 현재 과세표준 20억원 이하는 9%, 20억원 초과 12%로 차등 적용하고 있는데 이번 세법 개정안에는 매출액 1000억원 또는 자산 5000억원 초과 법인에 대해 과세특례 적용을 아예 배제하는 담았다. 이에 따라 전국 91개 조합 가운데 28.8%인 26개 조합이 과세특례를 적용받지 못하게 돼 파장이 우려된다.
조합법인측은 효율적인 사업 추진을 위해 덩치를 키웠는데 이제 와서 대규모 조합법인에 세제 혜택을 주지 못하겠다는 것은 정책 취지와 맞지 않다면서 법인세수가 늘어나면 고스란히 이익에서 빠져나가는 만큼 지방에 위치한 조합법인들의 경영 여건도 악화할 수 있다고 우려했다.
그동안 조합 법인세 과세특례 등은 어촌경제 활성화에 기여해 왔는데 조합법인에 대한 과세특례가 폐지될 경우 일선수협의 경영 악화로 이어저 어촌경제가 더욱 위축될 수밖에 없다.