이번 2차 추경안은 총지출 기준 ‘코로나19 관련 긴급재난지원금 지원사업’ 재원 마련을 위해 총지출 기준 20개 부처 189개 세부사업(△3조 5,577억원)이 감액)되면서, 종합적으로 총 20개 부처 190개 세부사업(4조 117억원 순증)에서 변동이 발생했다.해양수산부의 경우, 일반회계(51억4800만원), 농특회계 3개(800억3300만원), 교특회계 1개(울산신항) 예산 200억8700만원 등 총 1052억이 감액됐다.
2020년도 제2회 추경안의 회계․기금별 구성 체계 및 내역을 보면 농어촌 구조개선 특별회계(3개)에서 양식어업재해보험 250억원, 연근해어선감척(지자체) 250억원, 가거도항복구 300억원 등 모두 800억3300만원이 감액됐다. 일반회계에서는 인건비(연가보상비)가 51억4800만원이 감액됐는대 기관별 감액분은 국립수산과학원(R&B)이 458억원에서 453억8900만원으로 4억9100만원, 해양수산인재개발원이 17억1900만원에서 16억9900만원으로 2000만원, 해수부 총액이 133억100만원에서 131억5100만원으로 1억5000만원 각각 감액됐다.
동해어업관리단은 236억2800만원에서 234억400만원으로 2억2400만원 ▷서해어업관리단은215억1700만원에서 193억2000만원으로 –21억9700만원 ▷남해어업관리단은 187억7200만원에서 185억8400만원으로 –1억8800만원 ▷국립수산물품질관리원은 139억1700만원에서 137억5400만원으로 –1억6300만원 ▷본부 419억1900만원에서 414억6000만원으로 –4억5900만원 ▷지방해양수산청(총액)은 1208억7500만원에서 1199억3600만원으로 –9억3900만원 감축됐다.
또한 ▷국립해양조사원 등은 208억8500만원에서 206억3700만원으로 –2억4800만원 ▷해사고등학교(총액)는 99억200만원에서 98억6900만원으로 –3300만원 ▷국립해양측위정보원(총액)은 36억3100만원에서 35억9500만원으로 3600만원이 각각 감축됐다. 해양수산부 및 소속 기관의 인건비 감액분은 전액 연가보상비로 알려졌다.