해양보호구역은 주요 해양생물, 경관, 생태계의 체계적인 보전과 현명한 이용을 통한 지역발전을 도모하기 위해 지정된 구역이다.
충남지역 관내에서는 가로림만 해양생물보호구역 등 4개 보호구역이 지정돼 왔으며, 어민지원을 위한 종패방류사업, 해양보호의식 확산을 위한 교육·행사 참가 등 다양한 사업을 통해 지역경제 활성화와 해양생태계 보호에 도움을 줄 것으로 기대되고 있다.
특히 2019년에는 원래 해양생물보호구역 지정에 부정적이었던 지역주민들이 직접 요청해 가로림만 해양보호구역이 확대 지정되는 등, 지역민을 위한 해양생태계 보전·관리의 노력이 결실을 맺기도 했다.
또한 폐염전, 폐양식장 등 과거 개발로 인해 훼손된 갯벌을 이전의 상태로 되돌리기 위해, 2022년까지 서천 유부도 등 3개소에 총 171억 원을 들여 갯벌생태계 복원사업을 실시할 계획이다.