개정법률은 해양수산부 장관이 수출을 목적으로 하는 수산물의 생산ㆍ가공시설 및 그 생산 해역 외에 국내에서 생산ㆍ공급되는 수산물의 생산ㆍ가공시설 및 그 생산 해역에 대해서도 위생관리기준을 정해 고시토록 했다.
또, 신고 민원의 투명하고 신속한 처리와 일선 행정기관의 적극행정을 유도하기 위해 수산물 품질인증기관 지정에 대한 변경신고를 받은 경우에는 10일 이내에 신고수리 여부를 신고인에게 통지하도록 하고, 그 기간 내에 신고수리 여부나 처리기간의 연장을 통지하지 않은 경우에는 신고를 수리한 것으로 간주하는 제도를 도입했다.