3대 핵심 정책과제는 ▷지속가능한 광어 양식산업을 위한 연구개발 강화 ▷신소득산업 발굴을 위한 제주형 해면양식 연구 ▷인력·경비 절감을 위한 어선어업 조업자동화 시스템 개발 연구이다.
연구원은 우선 제주의 주력 양식산업인 광어 양식을 지속가능한 산업으로 육성하기 위해 건강한 광어 생산 프로그램 개발, 질병 및 고수온에 강한 광어 품종개량 연구, 제주산 광어의 선어회 유통을 위한 기반 연구와 함께 생산이력 추적관리용 태그 개발 등을 추진한다.
새로운 소득산업 발굴을 위한 제주형 해면양식 모델개발을 통해 가리비, 멍게를 중심으로 산업화와 경제성 확보 연구가 추진된다.
이외에도 수산업경영인 등 어업인력 육성과 어업기술보급 및 기술지도 프로그램 개발 통해 어업인 전문인력 육성, 신규 어업인 가입 유도를 위한 귀어·귀촌사업도 지원할 방침이다.