수거된 침적쓰레기는 조업 중 유실되거나 버려진 것으로 보이는 그물, 로프, 통발 등의 폐어구류 등 해상기인 쓰레기가 다량을 차지하고 있었으며, 이외에도 타이어나 토사류, 고철류도 일부 포함돼 있다.
바닷속에 가라앉은 폐그물 등 침적쓰레기는 해양생물의 서식지 파괴는 물론 해양생물이 걸려 죽는 유령어업 등으로 연간 3700억 원 이상의 어업피해가 발생되며, 폐로프 등은 선박 추진 기관에 걸려 해양안전사고의 원인이 되기도 한다.
이에, 공단은 해양폐기물 정화사업을 해양수산부로부터 위탁받아 전국 주요 항만을 중심으로 바닷속 침적쓰레기를 수거해 해양생태계의 보전 및 선박의 안전 운항을 확보하는데 기여하고 있다.