울릉도는 해양보호생물을 포함한 약 1,200종 이상의 해양생물이 서식하고 있는 해양 생태계의 보고로 2014년 해양생태계 보호구역으로 지정됐는데 최근 기후변화 등 다양한 환경 요인의 변화와 무분별한 어획 활동에 의해 서식하고 있는 해양생물의 자원량 감소 등 생태계가 위협받고 있다.
이에 공단은 울릉도 해역의 해양생물 자원량 감소를 예방하고 유지하기 위해 연안바다목장, 바다숲 조성사업을 수행했으며, 울릉군과 협업해 연안바다목장 조성지 사후관리 사업, 갯녹음 대비 해조류 생장 촉진사업 등 수산자원증대사업 지속적으로 수행하고 있다.