더불어민주당 윤준호 의원이 한국수산자원공단으로부터 제출받은 자료에 따르면, 부산지방국세청은 작년 말에서 올해 3월까지 공단에 대한 정기 세무조사를 진행하면서 공단이 외부 위탁 기관에 용역 사업을 맡긴 뒤 대행수수료나 경비, 직접비 등에 대한 세금계산서를 발행하지 않은 사실을 적발.
공단은 대행수수료에 대한 세금계산서 미발행으로 인한 부가가치세 16억7천만원, 경비 등 직접비에 대한 세금계산서 미발행으로 인한 법인세 26억5천만원 등 총 43억여원을 부과한 것으로 나타났다고 설명.
이에 대해 한국수산자원공단 측은 “정부 예산·회계제도에 중점은 둔 업무처리를 하다 보니 세무적으로 중요한 부분에서 신경쓰지 못했다”면서 국세청 세무조사 후속조치의 일환으로 “공단은 현재 세무 전문인력 충원, 회계 관리 시스템 개선, 세금계산서 발행 및 신고납부를 철저히 이행 중에 있으며, 부과된 조세에 대해서도 조기에 완납하기 위한 계획을 수립 중에 있다”고 해명.
윤준호 의원은 “공공기관으로서 가장 기초적인 세무 행정업무도 처리 하지 못한 것은 있을 수 없는 일이며, 한국수산자원공단이 정부 공공기관으로서 과연 자격이 있는지 묻고 싶다”고 질책하고 “공단은 이번 국세청 세무조사 결과에 대해 겸허히 받아들이고, 이에 대한 공단의 업무 태만, 기관 운영의 정상화를 위해 노력해야 할 것”이라고 강조.