공단은 최근 감사원 실지감사, 국세청 세무조사 등 외부 지적사항과 경영환경 악화 및 미래성장 동력 약화 등에 따라 기관운영을 포함한 사업전반에 걸쳐 강도 높은 조직쇄신을 추진하고 있다.
특히 지난 9일 ‘한국수산자원공단’으로 명칭이 변경된 것을 계기로 무사안일주의 및 기존의 관성·관행에서 벗어난 조직문화 개선, 불요불급한 업무 축소 등 재무 건전성 확보, 징계처분 강화 등 윤리청렴 경영 강화, 업무 추진 성과의 객관성 확보 등을 전사적으로 추진한다.