해수부가 마련한 주요 변경 내용에 따르면 재정 집행률 ±0.2를 신설해 집행제고를 통한 경제활성화 정책 기조를 반영하고 지방비 7%(설계비)를 확보해 시․군․구청장 내부결재 문서와 의회 의견서를 첨부토록 했다.
사업대상지 선정 평가방법은 기본 방향으로 사후 유지・관리 및 운영 활성화를 위해 타․부처 복합연계 건물에 대해 가점을 부여하기로 했다. 어촌뉴딜 300사업으로 조성되는 시설과 타 부처 관련시설 사업을 물리적으로 복합하거나, 집적해 기능적으로 복합하는 경우, 시설물의 유지, 운영을 위해 관련 인건비, 프로그램 운영비 등을 지원하는 타 부처 사업과 연계해 계획 수립하는 경우 등이다.
이와 함께 국민 삶의 질 향상, 지역 일자리 창출, 지역 경제 활성화 효과가 높은 사업을 제출토록 했다. 지역고유의 자연환경․산업․역사․문화 등을 반영한 지역특화사업과 마을기업 등을 활용한 사회적경제 실현, 주민참여형 사업을 우선하고 사업을 통해 조성된 시설․프로그램에 대한 자체 지속가능성(유지․관리 등), 발전가능성(사업 확대 등)이 확보되는 사업, 어항의 기능 효율화와 연계해 사회기반시설 확충과 규모의 경제 실현, 관광자원화를 통한 소득증대가 예상되는 사업, 어촌마을의 개방성(어촌계원 가입조건 완화 등)을 가점 항목으로 부여해 고령화된 어촌사회의 지속발전 가능성을 유도하도록 했다.