주요내용을 보면 ‘어항개발사업에 대한 준공확인의 특례’를 신설해 어항개발사업시행의 허가를 받은 자 등이 건설사업관리 대상 건설공사에 해당하는 어항개발사업을 완료한 후 건설기술용역업자의 건설사업관리조서 등을 어항의 지정권자에게 제출한 경우에는 예외적으로 준공확인을 받지 않을 수 있도록 했다.
또한 어항개발사업의 준공 전 사용허가 등을 신설해 어항개발사업시행의 허가를 받은 자 등이 준공확인 전에 어항개발사업으로 조성된 토지ㆍ시설을 사용하려면 국가 또는 지방자치단체에 귀속되지 않는 시설의 경우에는 어항의 지정권자에게 사용신고를 해야 하고, 그 밖의 시설과 토지 등의 경우에는 어항의 지정권자로부터 사용허가를 받도록 했다.
어항시설에 대한 사용ㆍ점용 허가의 요건으로 어항관리청이 시설물 설치를 수반하는 어항시설의 사용ㆍ점용을 허가하려는 경우 해당 시설물의 존치기간에 대한 요건을 종전의 3년 이내에서 5년 이내로 연장했다.