국립수산과학관은 타 과학관 및 관련기관 간 연계·협력체계 구축을 통해 해양수산분야의 홍보 및 저변확대에 기여하고 교육프로그램의 다양화 및 행사운영 내실화 등을 통한 복합문화공간으로서의 기능 확대 등이 높은 평가를 받았다.
또한 지역 내 유사 전시관과의 차별화된 콘텐츠 개발을 위해 유관기관 사례분석, 국립수산과학원 기술개발 전시(세계 최초 명태 완전 양식 전시) 등 꾸준한 대중화 전략을 통하여 특성화된 융복합적 콘텐츠 전시 또한 높은 평가를 받았다.
이번 평가는 과학기술정보통신부가 ‘과학관법’ 제4조에 의거 해양수산부, 기상청, 농촌진흥청 등 중앙부처 3곳과 16개 지자체 등 전체 19개 기관을 대상으로 하는 평가로 올해로 3회째 시행되고 있다.