부산 출신으로 한국해양대 항해학과와 동 대학원을 각각 졸업하고 1992년 영국 카디프대에서 항만경제학 박사 학위를 받았다. 자신이 직접 1988년 1급 항해사 자격을 따기도 했다. 문 후보자는 2003년 대통령직인수위원회 자문위원으로 활동하면서 노무현정부와 인연을 맺은 이후 대통령 자문 동북아시대위원회 전문위원을 맡으며 공직 참여의 폭을 넓혔다.
문 후보자는 지명 소감문에서 "문재인정부 출범 3년 차를 맞아 본격적인 성과 창출이 필요한 시기에 해양수산부 장관이라는 중책에 내정돼 막중한 책임감을 느낀다"면서 "장관이 되면 해운산업 재건, 어촌과 수산업 발전, 신해양산업 육성 등 주요 정책들을 차질 없이 추진해 명실공히 해양강국의 위상을 정립해 나가고자 한다"고 포부를 밝혔다.
그는 이어 현장에 계신 분들과 긴밀히 소통하며 실효성 있는 정책을 만들고, 국민들에게 희망과 행복을 드리는 바다를 만드는 데 최선을 다하겠다고 말했다.
문 내정자는 아직 후보자 신분이어서 인터뷰나 기자간담회에 응하기 어려운 점 양해 부탁드리며, 구체적인 정책방향 등은 인사청문회 과정에서 말씀드리도록 하겠다면서 곧 귀국해 겸허한 마음으로 국회 인사청문회를 성실히 준비하겠다고 덧붙였다. 문 후보자의 동생은 수협은행 직원이고, 아들도 한국선급에서 일한다. 문재인 대통령의 동생인 문재익 씨가 해양대 78학번으로 77학번인 문 후보자의 1년 후배다.