갯벌연구센터는 1929년 전라북도 수산시험장으로 출발해 90년의 역사를 가지고 있으며, 2004년 갯벌연구센터로 재편된 국내 유일의 갯벌 연구기관이다.
센터는 2004년부터 연안습지 기초조사, 갯벌형 바다목장 사업, 바지락 양식 안정화 연구, 갯벌 패류양식 생산성 향상 연구, 갯벌 어장환경 모니터링 등 갯벌의 보전 및 지속적인 이용을 위한 다양한 연구를 진행해 왔다.
국립수산과학원 갯벌연구센터는 지난 2018년 11월 16일 군산대학교와 ‘갯벌연구센터 청사 임시 이전 및 해양·수산분야 연구협력 강화’에 대한 업무협약을 체결한 바 있다.
센터는 세계적인 갯벌 종합연구기관으로의 조직 확대 및 인력 확충(4급 연구기관, 정원 24명)을 위해 2020년 기본설계를 시작으로 2023년 ‘갯벌 스마트 종합연구센터(가칭)’ 건립(군산시 내흥동 금강하구지역)을 추진하고 있다.
해양수산부(2013년)에 따르면 우리나라 갯벌은 연간 16조원 이상의 가치를 가지고 있다. 갯벌의 기능별 가치(원/㎥): 수산물 생산 17.5억, 수질 정화 6.6억, 여가 제공 2.5억, 서식지 제공 13.6억, 재해 방지 2.6억, 보존가치 20.3억 등이다.
우리나라 갯벌은 전체 약 2,487㎢로 국토 면적의 2.5%에 해당하며, 세계 5대 갯벌의 하나로 산업적·경제적 기능뿐만 아니라 해양생물의 보고이자 어업인의 생활터전이다.