거문도는 여수와 제주도 중간에 위치한 다도해 최남단의 섬으로 1905년 남해안 최초의 등대가 들어선 곳이자 1923년부터 운영돼 온 유서 깊은 항만이 자리잡고 있다. 거문도항에는 방파제(1,995m), 접안시설(1,030m), 여객터미널 등이 설치돼 있다. 해양수산부는 이곳을 해상교통 및 어업활동의 중심지이자 영해관리의 요충지로 육성하기 위해 2012년 8월 국가관리연안항으로 지정했다.
국가관리연안항은 해양영토 관리 강화 및 기상악화 시 선박대피 등을 위해 거문도항, 용기포항, 연평도항, 상왕등도항, 흑산도항, 가거향리항, 추자항, 화순항, 국도항, 후포항, 울릉(사동)항) 국내 11개항이 지정돼 있다.
해양수산부는 거문도 인근 배타적 경제수역(EEZ)에서 해경선박과 어업지도선을 운항하며, 영해주권을 지키고 해상사고발생 시 신속히 대응하기 위해 노력해 왔으나 거문도에는 해경선박과 어업지도선 전용부두가 마련돼 있지 않아 기상악화 등 긴급 상황이 발생할 경우 정박지를 찾는 데 어려움이 있었다.
이에 해양수산부는 총 356억 원을 투입해 거문도항 1단계 정비사업을 추진하고 해경부두(160m)와 어업지도선 부두(100m)를 건설한다. 방파제(125m) 및 어선의 안전 정박을 위한 어선접안시설(140m) 등도 확충할 계획이며, 2021년 말까지 공사를 완료할 예정이다.